De game speelt zich af in hetzelfde univesum als Bravely Default. De game begint twee en een half jaar na de gebeurtenissen uit de eerste game. Tiz Arrior word wakker uit een coma en word gered door Magnolia Arch, een jonge vrouw wie de laatste Ba'al Buster is. De twee worden later vergezeld door de krijger Yu Zeneolsia, een lijfwacht van Agnès Oblige en Edea Lee, de leider van Eternia's Imperial Guard en een oude bekende van Tiz. De vier zoeken naar Agnès nadat ze is ontvoerd door de kwade Emperor Oblivion en zijn cryst-fairy Anne.